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Já os ecossistemas marítimos, ao contrário dos terrestres, são contínuos, pelos seus 36 milhões de quilômetros quadrados de extensão, possuindo maior capacidade de absorver impactos. Suas condições ambientais são menos extremas e sua diversidade é bastante superior, o que não permite, entretanto, sua exploração indiscriminada.
O Tratado Antártico, que evidencia a necessidade de metodologias conservacionistas, elaborou, em 1964, as "Medidas de Conservação da Flora e da Fauna Antártica", aplicáveis a todo território e a áreas ao sul do paralelo 60ºS. Propuseram-se códigos de conduta para visitantes, procedimentos para tratamento do lixo e avaliação e controle do impacto ambiental causado pelo homem na Região Antártida.
Quanto ao tratamento de lixo, não é permitido o lançamento ao solo de quaisquer materiais estranhos ao ambiente antártico. O lixo deverá ser separado de acordo com a sua natureza e colocado em depósitos apropriados. O lixo orgânico, papéis e pedaços de madeira deverão ser incinerados em condições atmosféricas favoráveis, de modo a não interferir nas pesquisas que estão sendo realizadas em locais próximos. As cinzas restantes e os demais tipos de lixo são retirados da Antártica pelo NApOc Ary Rongel. As latas e metais dóceis são compactados e embalados em caixas plásticas resistentes; vidros e garrafas são moídos e também colocados em caixas plásticas apropriadas.
Existem normas específicas que regulam os procedimentos a serem cumpridos, relacionadas ao sistema de esgoto sanitário e águas servidas, em termos de uso e limpeza, com vistas à sua manutenção e ao bom estado de funcionamento.
A partir da Operação Antártida XIII, foi implementado um Grupo de Avaliação Ambiental, que possibilitará o cumprimento dos parâmetros previstos no "Protocolo do Tratado Antártico sobre a Proteção do Meio Ambiente", conhecido como "Protocolo de Madri", um documento elaborado pelas Partes Consultivas do Tratado Antártico, para regulamentar e controlar as atividades humanas na Antártida. O Grupo de Avaliação Ambiental acompanhará e avaliará as atividades antárticas que deverão ser planejadas e realizadas de modo a evitar ou minimizar os efeitos prejudiciais sobre as características climáticas e meteorológicas; os efeitos prejudiciais significativos na qualidade da água e do ar; as mudanças significativas no meio ambiente atmosférico, terrestre (incluindo o aquático), glacial e marinho; as mudanças prejudiciais na distribuição, quantidade ou produtividade das espécies ou populações de espécies da fauna e da flora; os perigos adicionais para as espécies ameaçadas ou em perigo de extinção e a degradação ou o risco substancial de degradação de áreas de importância biológica, científica, histórica, estética ou de vida silvestre.
Prioridade será dada à preservação do ecossistema e à pesquisa científica, incluindo as pesquisas essenciais para a compreensão do meio ambiente global.
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